Cost-effective procedure for Streptococcus pyogenes immobilized DNA preparation and miniPFGE subtyping.

INTRODUCTION: Group A streptococci (GAS) is responsible of several human diseases ranging from mild infection to severe invasive toxin-mediated disease and post-infectious sequelae. Accordingly, a GAS surveillance program based on molecular techniques is advisable for its epidemiological control. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) is the gold standard for GAS molecular subtyping, but a major disadvantage is the length of the procedure, which takes 1-3 days of work, minimum. The aim of this study was to develop a rapid and cost-effective procedure for PFGE subtyping of GAS isolates. METHODOLOGY: Different incubation times of GAS, immobilized in agarose miniplugs, in solutions containing lysozyme and/or mutanolysine followed by solutions with urea instead of proteinase K, were assayed. DNA was restricted with SmaI and the fingerprints were obtained in clamped homogeneous electric field (CHEF) chambers and minichambers. The modified procedure was used to subtype 22 GAS isolates. RESULTS: Intact DNA molecules of GAS immobilized in agarose miniplugs were prepared incubating the cells, in situ, with a solution containing lysozyme for 4 hours, followed by the incubation in a non-enzymatic solution with urea for 2 hours. SmaIDNA macrorestriction fragments were well resolved in 5 hours and 14 minutes by electrophoresis in a CHEF minichamber at 10 V/cm. This procedure for GAS DNA preparation was useful for fingerprinting GAS strains in the format of CHEF Mapper (BioRad). CONCLUSIONS: The procedure took 13 hours for GAS strains subtyping. Both sample preparation and electrophoresis in CHEF minichamber represent an economic alternative for performing massive epidemiological studies of this human pathogen.

Tipificación mediante electroforesis de campos pulsantes de cepas de Streptococcus beta hemolíticos presentes en un brote de faringitis en niños / Typing by pulsed field gel electrophoresis of beta hemolytic Streptococcus strains present in a pharyngitis outbreak in children

Introducción: en infecciones por Streptococcus beta hemolíticos los del grupo A de Lancefield son el principal causante de faringitis en niños, y entre los no A los del Grupo C ocupan un lugar importante.Objetivo: tipificar molecularmente las cepas que participaron en un brote de faringitis en niños y demostrar la utilidad de la técnica de electroforesis de campos pulsantes en la identificación de las cepas circulantes.Métodos: se caracterizaron mediante electroforesis de campos pulsantes 12 aislados de Streptococcusbeta hemolíticos pertenecientes a niños atendidos en el Hospital Juan Manuel Márquez durante un brote de faringitis aguda en los meses de enero a marzo de 2008.Resultados: mediante el test de seroagrupamiento se encontró que 6 de los aislados, correspondiente al primer periodo del brote, eran Streptococcus del grupo C y los otros 6 aislados clasificaron como Streptococcuspyogenes, con una mayor presencia en la segunda etapa del brote. La subtipificación mediante la macrorrestriccion con SmaI y electroforesis de campos pulsantes mostró la existencia de dos poblaciones clonales consecutivas durante el brote.Conclusiones: los resultados obtenidos demuestran la utilidad que pudiera tener la subtipificación de aislados mediante electroforesis de campos pulsantes durante un brote o una reemergencia facilitando el control epidemiológico, la localización de la fuente y la toma de decisiones cuando esta fuera necesaria(AU)

Tipificación mediante electroforesis de campos pulsantes de cepas de Streptococcus beta hemolíticos presentes en un brote de faringitis en niños / Typing by pulsed field gel electrophoresis of beta hemolytic Streptococcus strains present in a pharyngitis outbreak in children

Introducción: en infecciones por Streptococcus beta hemolíticos los del grupo A de Lancefield son el principal causante de faringitis en niños, y entre los no A los del Grupo C ocupan un lugar importante. Objetivo: tipificar molecularmente las cepas que participaron en un brote de faringitis en niños y demostrar la utilidad de la técnica de electroforesis de campos pulsantes en la identificación de las cepas circulantes. Métodos: se caracterizaron mediante electroforesis de campos pulsantes 12 aislados de Streptococcusbeta hemolíticos pertenecientes a niños atendidos en el Hospital Juan Manuel Márquez durante un brote de faringitis aguda en los meses de enero a marzo de 2008. Resultados: mediante el test de seroagrupamiento se encontró que 6 de los aislados, correspondiente al primer periodo del brote, eran Streptococcus del grupo C y los otros 6 aislados clasificaron como Streptococcuspyogenes, con una mayor presencia en la segunda etapa del brote. La subtipificación mediante la macrorrestriccion con SmaI y electroforesis de campos pulsantes mostró la existencia de dos poblaciones clonales consecutivas durante el brote. Conclusiones: los resultados obtenidos demuestran la utilidad que pudiera tener la subtipificación de aislados mediante electroforesis de campos pulsantes durante un brote o una reemergencia facilitando el control epidemiológico, la localización de la fuente y la toma de decisiones cuando esta fuera necesaria(AU)

Introduction: in the context of infection by beta hemolytic Streptococci, Lancefield group A is the main cause of pharyngitis in children, whereas Streptococci C play an important role in the non group A. Aims: the purpose of the study was to molecularly typify the strains involved in a pharyngitis outbreak in children, and show the usefulness of pulsed field gel electrophoresis technique for identification of circulating strains. Methods: twelve beta hemolytic Streptococcus isolates from children cared for at Juan Manual Márquez hospital were characterized by pulsed field gel electrophoresis during an acute pharyngitis outbreak from January to March 2008. Results: the serogrouping test found that six of the isolates, corresponding to the first stage of the outbreak, were group C Streptococci, whereas the other six classified as Streptococcus pyogenes, with a greater presence in the second stage. Subtyping by Sma I macrorestriction and pulsed field gel electrophoresis revealed the presence of two consecutive clonal populations during the outbreak. Conclusions: results show the potential usefulness of subtyping isolates with pulsed field gel electrophoresis during an outbreak or an instance of re-emergence, thus facilitating epidemiological control, location of the source, and decision making when required(AU)

Estudio de correlación entre cepas Escherichia coli sorbosa negativa y su capacidad de producir enterotoxinas / Study of correlation between negative sorbose E. coli strains and their enterotoxin-producing capacity

Se estudiaron 50 cepas de Escherichia coli sorbosa negativas, aisladas de niños con diarreas líquidas de aparición espontánea. La identificación hasta especie se realizó por métodos convencionales, incluidos los marcadores fenotípicos sorbosa y sorbitol. Las técnicas de reacción en cadena de la polimerasa e hibridación de ADN, fueron realizadas para confirmar la capacidad de producción de enterotoxinas. Se obtuvo muy buena correlación entre las cepas de Escherichia coli sorbosa negativas y su capacidad de elaborar enterotoxinas termolábil y termoestable. El estudio demostró un alto porcentaje de estas cepas con fragmentos de genes codificadores, 94 y 44 por ciento respectivamente, predominando la enterotoxina termoestable. Se obtuvieron los principales biotipos primarios de importancia taxonómica y epidemiológica. Se demostró que el método de la sorbosa posee cualidades que lo distinguen como marcador fenotípico, con 100 por ciento de sensibilidad y 88 por ciento de especificidad, revelándose como método de diagnóstico presuntivo práctico y de gran utilidad para los Laboratorios de Microbiología Clínica(AU)

Estudio de correlación entre cepas Escherichia coli sorbosa negativa y su capacidad de producir enterotoxinas / Study of correlation between negative sorbose E. coli strains and their enterotoxin-producing capacity

Se estudiaron 50 cepas de Escherichia coli sorbosa negativas, aisladas de niños con diarreas líquidas de aparición espontánea. La identificación hasta especie se realizó por métodos convencionales, incluidos los marcadores fenotípicos sorbosa y sorbitol. Las técnicas de reacción en cadena de la polimerasa e hibridación de ADN, fueron realizadas para confirmar la capacidad de producción de enterotoxinas. Se obtuvo muy buena correlación entre las cepas de Escherichia coli sorbosa negativas y su capacidad de elaborar enterotoxinas termolábil y termoestable. El estudio demostró un alto porcentaje de estas cepas con fragmentos de genes codificadores, 94 y 44 % respectivamente, predominando la enterotoxina termoestable. Se obtuvieron los principales biotipos primarios de importancia taxonómica y epidemiológica. Se demostró que el método de la sorbosa posee cualidades que lo distinguen como marcador fenotípico, con 100 % de sensibilidad y 88 % de especificidad, revelándose como método de diagnóstico presuntivo práctico y de gran utilidad para los Laboratorios de Microbiología Clínica.

Fifty negative sorbose Escherichia coli strains isolated from children who suffered spontaneously occurring fluid diarrheas were studied. Identification up to the level of species was performed by conventional methods including phenotypical markers known as sorbose and sorbitol. The PCR and DNA gene hybridization were applied to confirm the enterotoxin-producing capacity. A good correlation between negative sorbose Escherichia coli and their capacity of producing heat-labile and heat -stable enterotoxin was observed. The study showed a high percentage of these strains with encoding gene fragments, 94 and 44% respectively, being heat-stable enterotoxin the predominant. The main primary biotypes of taxonomic and epidemiological importance were obtained. It was demonstrated that the sorbose method has certain qualities that make it stand out as a phenotypical marker, with 100% sensitivity and 88% specificity, and as a practical presumptive diagnostic method that is very useful for Clinical Microbiology Laboratories.

Factores de riesgo para la diarrea persistente / Risk factors in persistent diarrhea

Se revisan los conceptos actuales sobre la diarrea persistente (DP). Se estudian 102 pacientes con diarrea aguda y 85 con DP menores de un año. Se obtuvo información relativa a edad, estado nutricional, tiempo de lactancia materna, episodios nuevos de diarrea aguda y persistente y uso previo de medicamentos. Tambien se realizó estudios microbiológicos y coproparasitológicos para el estudio e identificación de los agentes enteropatógenos. Para controlar la asociación entre DP y la exposición a los diferentes factores de riesgo se utilizó el método estadístico de Chi Cuadrado (x2) y se estimó la razón de ventaja (OR) por orden de importancia y de acuerdo a los valores de OR los factores de riesgo identificados fueron: episodios previos de DP, estado nutricional inferior al tercer percentil, tiempo de lactancia materna menor de un mes, uso de metronidazol y otros antibióticos, infecciones mixtas, episodios previos de diarrea aguda y aislamiento de enteropatógenos. De estos el más frecuentemente aislado fue la Salmonella seguido por la Escherichia coli enteropatógena

Determinación de Salmonella en aves en Ciudad de La Habana / Deterination of Salmonella in fowl in Havana City

Se sometieron a examen 200 canales de aves para la detección de Salmonella. De éstas 125 resultaron positivas a este microorganismo para el 62,5

. Se señala el medio de enriquecimiento Caldo Tetrationato Bierbrauer y el selectivo Agar Digralski como los medios más efectivos. Se establece la relación entre los serotipos presentes en aves y los serotipos que aparecen en personas enfermas en Ciudad de la Habana

Determinación de Salmonella en aves en Ciudad de La Habana / Determination of Salmonella in fowl in Havana City

Se sometieron a examen 200 canales de aves para la detección de Salmonella. De éstas 125 resultaron positivas a este microorganismo para el 62,5%. Se señala el medio de enriquecimiento Caldo Tetrationato Bierbrauer y el selectivo Agar Digralski como los medios más efectivos. Se establece la relación entre los serotipos presentes en aves y los serotipos que aparecen en personas enfermas en Ciudad de la Habana

Presencia de Campylobacter coli en carne de cerdo / Presence of Campylobacter coli in pork meat

Se analizaron 30 canales de cerdo con el propósito de conocer la presencia de Campylobacter coli. Se aisló este microorganismo en 3 canales. Este es el primer informe sobre el aislamiento de Campylobacter coli en Cuba

Presencia de Campylobacter coli en carne de cerdo / Presence of Campylobacter coli in pork meat

Se analizaron 30 canales de cerdo con el propósito de conocer la presencia de Campylobacter coli. Se aisló este microorganismo en 3 canales. Este es el primer informe sobre el aislamiento de Campylobacter coli en Cuba